ハプログループB (mtDNA)(ハプログループB (ミトコンドリアDNA)、英: Haplogroup B (mtDNA))とは、分子人類学で用いられる、人類のミトコンドリアDNAハプログループ(型集団)の分類のうち、ハプログループNの子系統「R11'B」を祖先に持ち「8281-8289d」などの特徴的変異をもつもので、サブクレードは、B4、B5、B7などである。
この型の祖系の「R11'B」は、ヨーロッパの白人の母系などと祖を同じくする「N」型から分岐した系統にあたる。ハプログループBは、約4~5万年前にアジアで分岐し、東南アジアやポリネシアなどといった南方に広まった代表的なグループである。
ハプログループBの分布は、イラン、イラク、ベトナム、マレーシア、インドネシア、タイ、チベット、中国、台湾、モンゴル、韓国、日本、フィリピン、ポリネシア、マダガスカル、メラネシア、ミクロネシア、ハワイなどであり、アメリカ大陸の先住民からも検出される。
また、田園洞人はハプログループBに属していることが判明している。
縄文時代には既にこのB系統が日本列島にいたことが縄文人骨の解析などから明らかとなっており、現在では、特に東京と宮崎で多く検出される。日本人に占める割合はB4(9.1%)、B5(4.3%)である。
B5系統は華南を中心に分布している。B4系統は台湾、フィリピン、太平洋島嶼を中心に分布している。ハワイの先住民の9割以上はこの系統であり、アメリカ大陸の先住民族から検出されたB2系統は、このB4系統から分岐した系統であることが明らかとなっている。このB2系統は南アメリカの先住民族からも見つかっている。B4a1a系統は、オーストロネシア語族の拡散と関連している。
ハプログループBのサブクレードの系統樹は、マニス・バン・オーブンとマンフレッド・カイザーの論文に基づく。
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