駐日モンゴル国大使館(モンゴル語: Монгол улсаас Япон улсад суугаа Элчин сайдын яам)は、モンゴル国が日本の首都東京に設置している大使館である。駐日モンゴル大使館(英語: Embassy of Mongolia in Japan)とも。
1972年2月、日本とモンゴル人民共和国の間で外交関係が樹立され、同年中に駐日モンゴル人民共和国大使館(モンゴル語: БНМАУ-аас Япон улсад суугаа Элчин сайдын яам、英語: Embassy of the Mongolian People's Republic in Japan)が開設された。1992年2月、モンゴル国憲法が施行されたことにより国号がモンゴル人民共和国からモンゴル国へと変わる。それに伴い東京の大使館も駐日モンゴル国大使館に改称された。
2023年12月7日より、バンズラグチ・バヤルサイハンが特命全権大使を務めている。
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