駐日ボツワナ大使館(ツワナ語: Kemedi ya Botswana mo Japan、英語: Embassy of Botswana in Japan)は、ボツワナが日本の首都東京に設置している大使館である。在東京ボツワナ大使館(ツワナ語: Kemedi ya Botswana mo Tokyo、英語: Embassy of Botswana in Tokyo)とも。
1997年8月に初めて開設され、1999年4月に初代特命全権大使オテン・ジェナモ・テバペが着任した。
2021年9月27日より、ホツィレエネ・モラケ少将が特命全権大使を務めている。
日本全域に加えて、兼轄で在タイ王国ボツワナ大使館、在大韓民国ボツワナ大使館、在フィリピンボツワナ大使館としての役割も担っている。
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