京都大学大学院医学研究科(きょうとだいがくだいがくいんいがくけんきゅうか、英語: Graduate School of Medicine, Kyoto University)は、京都大学大学院に設置される研究科の一つである。また、京都大学医学部(きょうとだいがくいがくぶ、英語: Faculty of Medicine, Kyoto University)は、京都大学に設置される学部の一つである。附属病院と共に吉田キャンパス南地区に位置する。
京都帝国大学設置から2年後の1899年(明治32年)、法科大学とともに京都帝国大学医科大学、および医学科が開設された。初代医科大学長は坪井次郎。
同年12月、京都帝国大学医科大学附属医院開設。同年には附属医院に看護婦見習講習科を設置、現在の人間健康科学系専攻の源流である。
1903年、修猷館附属の福岡藩校賛生館を前身として京都帝国大学福岡医科大学に分割され、医科大学は京都医科大学と改名される。1911年(明治44年)4月、同年1月に設立された九州帝国大学(工科大学のみ)に福岡医科大学が移管され、九州帝国大学医科大学となった。
1919年(大正8年)2月、帝国大学令の改正により分科大学制が廃止され、医科大学が京都帝国大学医学部となる。
1939年(昭和14年)4月、医学部に薬学科を設置。同年5月、京都帝国大学臨時医学専門部を設置。(昭和19年)、臨時医学専門部を京都帝国大学附属医学専門部と改称。
1945年、附属医院に看護婦を養成する厚生女学部を設置(1948年には厚生女学部に専攻科を設置)。
1947年、京都帝国大学が京都大学と改称される。
1949年(昭和24年)、新制京都大学となる。旧附属医学専門部が新制京都大学医学部に統合され、医学部附属医院は医学部附属病院と改称される。
1951年、附属病院厚生女学部専攻科が京都大学看護学校と改称され、本科が廃止される。
1955年7月、大学院医学研究科設立。当初は生理系専攻・病理系専攻・社会医学系専攻・内科系専攻・外科系専攻を設置。
1960年、薬学科が独立し、京都大学薬学部(薬学科)となる。
2003年(平成15年)10月、京都大学医療技術短期大学部を統合し、医学部に保健学科を設置。
2008年4月、保健学科を人間健康科学科に改称。
2018年4月、京都大学・マギル大学ゲノム医学国際連携専攻を設置。
同年12月、本庶佑名誉教授(京都大学医学部卒業、京都大学医学博士)がノーベル生理学・医学賞を受賞する。
歴代医学研究科長・医学部長は以下の通り。
医学部・医学研究科の同窓会には、下記の組織・団体がある
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