Ernst Hallier (Hamburgo, 25 de noviembre de 1831-Dachau, 21 de diciembre de 1904) fue un botánico, micólogo y filósofo alemán.
Entre 1848 a 1851 se formó como jardinero en los jardines botánicos en Jena y en Erfurt. En 1852, trabajó como jardinero en Charlottenburg y Berlín. Estudió botánica en 1854 en la Universidad de Berlín; en 1855 en Jena, y en 1857 en Gotinga. En 1858, recibió su doctorado en Jena; y trabajó como profesor en el "Instituto de Farmacia", de la Universidad de Jena (con Hermann Ludwig), y también recibió un doctorado allí. En 1860 es profesor y asistente de Botánica (con su tío Jacob Matthias Schleiden); y profesor asociado en 1865. En 1884 renunció a su cátedra en 1884 y volvió a Dachau.
Preferentemente trabajó sobre hongos parásitos, putrefacción y los procesos de descomposición y de las enfermedades en el cuerpo de animales y de plantas, y afirmó que los organismos inferiores adoptaban diferentes formas dependiendo del sustrato sobre el que los gérmenes actuaban.
Como filósofo era seguidor de la filosofía del alemán Jakob Friedrich Fries.
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