L'église des Saints-Innocents est une ancienne église parisienne aujourd'hui disparue. Bâtie à partir du XIIe siècle, elle a été détruite en 1786, en même temps que le cimetière qui l'accompagnait.
Cette église était sous le vocable des « saints Innocents », enfants de Judée massacrés sur l'ordre du roi Hérode, pour lesquels le roi Louis VII avait une dévotion particulière.
L'église était située à l'angle Nord-Est du cimetière des Innocents à l'angle de la rue Saint-Denis et de la rue aux Fers. L'emplacement de l'église des Saints-Innocents correspondrait à l'emplacement des nos 43-45 rue Saint-Denis, c'est-à-dire qu'elle occuperait de nos jours la totalité du quart Nord-Est du square des Innocents.
Sa façade était tournée vers l'Ouest, vers l'intérieur du cimetière dans lequel se trouvait l'entrée principale. Une entrée secondaire donnait sur la rue Saint-Denis.
L'origine de cette église est inconnue. Les historiens envisagent plusieurs hypothèses :
Elle fut érigée en église paroissiale au cours du XIIe siècle par démembrement de la paroisse Saint-Germain-l'Auxerrois à la suite du développement du quartier autour du marché des Champeaux. Sa paroisse très petite se limitait aux rues de la Charronnerie et aux Fers disparues entre la rue Saint-Denis et la rue de la Lingerie auprès du cimetière des Innocents. Sa population est évaluée à 700 habitants vers 1300.
L'église fut rebâtie sous le règne de Philippe Auguste, mais postérieurement à 1182 car Henri Sauval indique que ce roi employa une partie des sommes confisquée aux Juifs lors de leur expulsion du Royaume et l'on inhuma, dans l'église, le corps de saint Richard.
Les reliques de saint Richard étaient en telle vénération au Moyen Âge, en raison des nombreux miracles qui se firent sur son tombeau, que les Anglais, lorsqu'ils furent maîtres de Paris (1420-1435) sous Charles VII, firent exhumer le corps et le transportèrent dans leur île, ne laissant que la tête du saint, qui fut conservée jusqu'en 1786, époque de la destruction de l'église.
En 1437, le service divin fut interdit dans l'église des Innocents à la suite d'une rixe qui y avait eu lieu, et que l'évêque de Paris, Jacques du Chastelier, regarda comme une profanation. Pendant vingt-deux jours ce prélat fit suspendre toutes cérémonies religieuses, et les portes de l'église et du cimetière furent fermées, jusqu'à ce que l'église eût été réconciliée, suivant l'usage du temps.
L'église fut dédiée par Denis Dumoulin, patriarche d'Antioche et évêque de Paris, sous l'invocation des Saints-Innocents et de Saint Pierre le .
L'église des Saints-Innocents était une paroisse dont le territoire englobait, outre le cimetière et le reclusoir, environ 70 maisons de la rue de la Ferronnerie. Au XVIe siècle, la paroisse a eu comme curé le théologien Jean Benoît, auteur d'une édition annotée et d'un commentaire de la Bible.
L'église fut démolie en 1786 lors de la suppression du cimetière et des charniers.
C'était un privilège réservé à certaines personnes que d'être inhumées dans l'église. Le cimetière était pour tous les paroissiens, mais il s'établit encore une distinction entre ceux qui étaient déposés au milieu du cimetière, et ceux que l'on inhumait dans des charniers ou galeries dont le cimetière fut environné plus tard. Les personnages les plus importants inhumés dans cette église sont :
Lors de la démolition de l'église, en 1786, la statue fut transportée à l'hôpital Sainte-Catherine
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