妙行寺(みょうぎょうじ)は、東京都新宿区若葉二丁目にある日蓮宗の寺院である。山号を稲荷山という。旧本山は身延山久遠寺(身延門流)、潮師法縁。
付近には日宗寺などがある。
修験宗の本乗院が起源である。日朗(六老僧の一人で池上本門寺2世)が本乗院の修験者・頻加法印(のちの日学)を日蓮宗に改宗し、長禄‐寛正年間(1457年 - 1460年)頃、日学が本乗院を日蓮宗に改めたという。その後廃寺となるが、慶長19年(1614年)に本立院日純(正保2年(1646年)没)が開山となり麹町清水谷に再興した。寛永11年(1634年)、江戸拡張に伴い現在地へ移転した。のちに玉峯院日静(寛保3年(1743年)没)が中興している。
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