주일본 몽골 대사관(몽골어: Монгол улсаас Япон улсад суугаа Элчин сайдын яам)은 몽골 정부가 일본의 수도인 도쿄도에 설치한 대사관이다. 약칭은 주일 몽골 대사관(Embassy of Mongolia in Japan)이다.
일본과 몽골이 1972년에 외교 관계가 수립되었고, 같은 해에는 주일본 몽골 인민공화국 대사관(몽골어: БНМАУ-аас Япон улсад суугаа Элчин сайдын яам)이 정식으로 개설되었으며, 1992년 2월부터 몽골 헌법이 정식으로 시행함에 따라, 국호가 몽골 인민공화국에서 '몽골'로 바뀌었다.
2023년 12월 7일부터 새로이 부임한 반즈락치 바야르사이칸이 특명전권대사를 임명하여, 일본 전 지역(오사카 총영사관 관할 구역 제외)을 관장할 수 있게 된다.
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