駐日マダガスカル大使館(マダガスカル語: Masoivohon'i Madagasikara eto Japana、フランス語: Ambassade de Madagascar au Japon、英語: Embassy of Madagascar in Japan)は、マダガスカルが日本の首都東京に設置している大使館である。在東京マダガスカル大使館(マダガスカル語: Masoivohon'i Madagasikara eto Tokyo、フランス語: Ambassade de Madagascar à Tokyo、英語: Embassy of Madagascar in Tokyo)とも呼ばれる。
1960年7月、日本がマダガスカルを主権国家として承認。在アメリカ合衆国マダガスカル大使館による兼轄を経て、1969年3月、東京に駐日マダガスカル大使館が開設された。
2024年4月15日より、トゥトゥザフィ・ハリス・ヴェロニクが臨時代理大使を務めている。
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