משרד ההגנה (ביפנית: 防衛省, תעתיק: בּוֹאֶיי-שוֹ) הוא המשרד הגדול ביותר בממשלת יפן, מכיוון שהוא כולל גם את כוחות ההגנה העצמית של יפן. לפי החוקה נתון משרד ההגנה תחת סמכות אזרחית. המשרד נוסד ב-1 ביולי 1954, תחת השם "סוכנות ההגנה של יפן", וקיבל את שמו הנוכחי ב-9 בינואר 2007.
בניין משרד ההגנה שוכן ברובע שינג'וקו שבטוקיו, במקום בו עמדו בעבר האקדמיה הצבאית של איצ'יגאיה, שנבנתה ב-1874, המפקדה הכללי של הצבא הקיסרי היפני במהלך מלחמת העולם השנייה, והמפקדה של כוחות ההגנה היבשתיים לאחריה.
שר ההגנה הוא חבר בדיאט של יפן.
משרד ההגנה פועל לקידום המטרות הבאות:
Owlapps.net - since 2012 - Les chouettes applications du hibou