ジャパンラグビートップリーグ2006-2007は2006年9月1日から2007年1月14日までレギュラーシーズンが行われた。
前年(2005-06年度シーズン)までは、リーグ戦とプレーオフの「マイクロソフトカップトップ8トーナメント」は別大会の扱いで、リーグ戦1位チームがリーグ優勝の扱いだったが、本年度より大会の仕組みを変更し、レギュラーシーズンを予選リーグ、マイクロソフトカップを決勝トーナメントと位置づけ、その上でプレーオフ進出枠を上位4チームに減らし、そこで行う「プレーオフ・マイクロソフトカップ」の優勝チームをリーグ優勝とみなす方式にした。
レギュラーシーズン首位通過の東芝ブレイブルーパスがマイクロソフトカップを制し、3連覇を達成した。
ジャパンラグビートップリーグ2006-2007の参加チームは下表の通りである(記載は前年シーズンの成績上位順)。
トップリーグの参加チーム数が12チームから14チームに増加、日本IBMビッグブルー、コカ・コーラウエストレッドスパークスが地域リーグから昇格した。
トップリーグの結果、13位セコムラガッツのトップイースト11、14位ワールドファイティングブルのトップウェストへの自動降格が決定した。
以上の結果、1位九州電力、2位の三菱重工相模原がトップリーグへ自動昇格、3位近鉄ライナーズのトップリーグ入替戦への進出が決定した。
以上の結果、1位ホンダヒートのトップリーグ入替戦への進出が決定した。
規定により、トップリーグ11位リコーブラックラムズがトップチャレンジ2・1位のホンダヒートと、トップリーグ12位日本IBMビッグブルーが、トップチャレンジ1・3位の近鉄ライナーズと入替戦を行った。
入替戦の結果、リコーブラックラムズ、日本IBMビッグブルーのトップリーグ残留が決定した。
2006-2007シーズンの年間表彰式は、2007年2月6日に東京プリンスホテルで実施された。
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