Giovanni VI di Anhalt-Zerbst (Zerbst, 24 marzo 1621 – Zerbst, 4 luglio 1667) è stato principe di Anhalt-Zerbst dal 1621 al 1667.
Fu figlio del principe Rodolfo di Anhalt-Zerbst e della sua seconda moglie, la principessa Maddalena di Oldenburg.
Ricevette un'educazione rigidamente protestante, data anche la forte presenza della madre nella sua vita, donna pia e devota. La sua signoria si estese anche alle città di Zerbst, Coswig e Wittenberg. Dal 1633 fu anche reggente per il conte Antonio Günther di Oldenburg.
Il suo governo fu prevalentemente improntato sull'esaltazione della riforma luterana, in tutte le sue forme e in particolare nella propaganda degli ideali del clero riformato.
Nel 1642, assieme a Konrad Balthasar Pichtel e a Joachim von Böselager, aderì alla Società dei Carpofori, un circolo letterario fondato dal principe Luigi I di Anhalt-Köthen.
Morì nel 1667 a Zerbst.
Giovanni sposò la principessa Sofia Augusta di Holstein-Gottorp (1630−1680), figlia del principe Federico III di Holstein-Gottorp. Da questo matrimonio nacquero 12 figli, la maggior parte dei quali morti in tenera età:
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