皇后杯 JFA 全日本女子サッカー選手権大会(こうごうはいジェイエフエイぜんにほんじょしサッカーせんしゅけんたいかい、The Empress's Cup、Empress's Cup JFA Japan Women's Football Championship) は、日本の女子サッカーのカップ戦である。かつては全日本女子サッカー選手権大会が正式名称であったが、第34回大会(2012年)より皇后杯が下賜されたことに伴って大会名が変更され、さらに2017年11月1日に日本サッカー協会 (JFA) が発表した「JFAブランディング」の一環としてJFA主催の2018年以降全ての大会名称に "JFA" の文字を加えること となったことから、現在の大会名となっている。
JFAに登録した中学生以上の女子選手により編成された、クラブチーム、大学、高校などの加盟チーム が参加し、国内で最も権威のある単独チームの大会として実施される。ノックアウト方式により優勝をめざすもので(3位決定戦は行われない)、男子の天皇杯 JFA 全日本サッカー選手権大会に相当する。
第1回大会および第2回大会は当時の女子サッカーの普及レベルから試合に出場するメンバーが揃いにくい事情等もあり8人制で行われ、試合時間は25分ハーフ、使用するボールは4号ボール、ゴールはジュニアゴールを使用し、ピッチの広さは54m×76mで開催された。
第3回大会からは11人制が導入され、第4回大会には試合時間が30分ハーフとなった。第7回大会からは5号ボールが採用され、徐々に男子並みの、一般的なサッカー大会のルールに近づいていくことになった。その後もいくつかの変更があったが、第27回大会では1~3回戦までが40分ハーフ(同点の場合は10分ハーフの延長戦、なお決しない場合はPK戦)、準々決勝と準決勝からは45分ハーフ(同点の場合は15分ハーフの延長戦、なお決しない場合はPK戦)、決勝は45分ハーフ(同点の場合は延長戦を行わずにPK戦)となり、第32回大会から全試合45分ハーフとなった。
1980年代は清水第八が第2回大会から第8回大会にかけて7連覇を達成したが、Lリーグ(当初はJLSL)が発足した1990年代に入ると主力選手が新チームの清水FCレディースに移籍したこともあって、毎年のようにLリーグ参戦チームが優勝するようになる。
第1回大会から第16回大会までは3月、第17回大会は1~3月、第18回大会から第25回大会までは1月に実施されていたが、「女子の天皇杯」との位置づけに鑑み、また大会への関心を集めることも踏まえて、第26回大会からは12月に開催して決勝戦は天皇杯の前座として翌年元日に国立霞ヶ丘競技場を舞台に開催されていた。
第34回大会からは11月から開始して決勝戦は単独試合として12月下旬(2012年は12月24日にNACK5スタジアム大宮で開催)に行なわれ、同年度からは宮内庁より下賜された皇后杯が優勝チームに授与されることになり、大会名も「皇后杯全日本女子サッカー選手権大会」に変更された。優勝チームには皇后杯のほか、優勝杯、表彰状、JFA杯(第38回以降)、竹腰杯、メダルが授与される。
また男子のスーパーカップに相当するなでしこスーパーカップが2005年に新設され、全日本女子サッカー選手権大会の優勝チームが日本女子サッカーリーグチャンピオンと対戦することになっていたが、2008年度に協賛企業撤退等で中止し、以降は開催されていない。
2023年大会の出場枠は以下の通り定められている。
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