鳥獣保護区(ちょうじゅうほごく)とは、鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律(鳥獣保護管理法)に基づき、鳥獣の保護繁殖を図るために指定される区域である。ここでの鳥獣とは、野生に生息する鳥類と哺乳類を対象とする。
鳥獣保護区は野生生物の保護・管理を目的に生息地を含む区域を保護区として設定する制度の一つである。鳥獣保護区の指定者は環境大臣または都道府県知事であり、それぞれ国指定鳥獣保護区(国設鳥獣保護区)、都道府県指定鳥獣保護区(都道府県設鳥獣保護区)と呼ばれる。鳥獣保護区では、鳥獣の捕獲が禁止されるほか、2007年の法改正から野生鳥獣の保全事業が実施できる。また、特に重要な区域を特別保護地区に指定することができる。特別保護地区では、建築物や工作物の設置、埋め立て・干拓及び木竹の伐採などの野生動物の生息に支障をきたすおそれのある行為について指定者の事前の許可が必要となる。なお、2002年に旧・狩猟法(大正7年4月4日法律第32号)が改廃された際に、鳥獣保護区の「設定」から「指定」に文言が改められた。
平成19年(2007年)公布の「鳥獣の保護を図るための事業を実施するための基本的な指針」(環境省告示第3号)に基づき、鳥獣保護区には下記の指定区分がある。
上記のうち、国際的または全国的に重要な区域を国(環境省)が指定し、それ以外の各都道府県内の区域を都道府県が指定する。また、都道府県知事から環境大臣へ指定者が変更される場合もある(名蔵アンパル参照)。なお、国指定鳥獣保護区では大規模生息地、集団渡来地、集団繁殖地、希少鳥獣生息地の4つの区分が指定されている。
2019年(令和元年)11月1日現在、以下の86区域が国指定鳥獣保護区に指定されている。
鳥獣保護区と同様に鳥獣の保護を目的に指定される区域として休猟区がある。個体数が減少している狩猟鳥獣(狩猟の対象となる鳥獣)の数を増加させる目的で、都道府県知事が3年を限度に休猟区を指定することができる。休猟区に指定された区域内では鳥獣の捕獲が禁止される。
鳥獣保護区と同様に、野生生物を保護・管理のためにある一定の区域を保護区として設定する制度としては、アメリカ合衆国内務省魚類野生生物局が所管する野生生物保護区(National Wildlife Refuge)がある。アメリカ合衆国の野生生物保護区は540ヵ所設定されている。
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