ハプログループN9 (mtDNA)は分子人類学におけるミトコンドリアDNAハプログループの一タイプであり、ハプログループN (mtDNA)の子型である。
ハプログループN9はN9a、N9b、Yの3つの下位系統に分かれる。このうちYはアイヌを含むオホーツク海沿岸に多い(詳細はハプログループY (mtDNA)を参照)。ユーラシア北部が起源とされるハプログループN9は、日本人の約7%が該当します。 カムチャツカ半島をはじめとする北東アジアに分布しており、日本には比較的古い時代にやってきて縄文人になったグループと、 比較的新しい時代にやってきてオホーツク文化を形成したグループがいると考えられており、古代から魚を食していたといわれている。とくに中国南部や台湾先住民に比較的多く見出されるN (mtDNA)|英語版。
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