Transilien Paris Sud-Est est la « région » du Transilien, le réseau de trains d'Île-de-France de la Société nationale des chemins de fer français (SNCF), qui gère partiellement la ligne D et intégralement la ligne R, permettant la desserte du sud-est de l'Île-de-France à partir de la gare de Lyon à Paris. Ainsi, les lignes D et R ont une direction commune et se partagent une partie du matériel roulant notamment les rames Z 5600, Z 20500 et Z 57000.
Transilien Paris Sud-Est gère une partie de la ligne D du RER entre Paris-Gare-de-Lyon et les deux branches de la banlieue sud-est, Melun et Malesherbes :
Transilien Paris Sud-Est exploite la ligne R du Transilien qui relie la gare de Paris-Gare-de-Lyon aux gares de Montereau et de Montargis :
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