在ジブチ日本国大使館(アラビア語: سفارة اليابان في جيبوتي、フランス語: Ambassade du Japon à Djibouti、英語: Embassy of Japan in Djibouti)は、ジブチ共和国の首都ジブチ市にある日本の大使館。
日本は、1977年にジブチを国家承認したにもかかわらず長らく同国に常駐の大使館を設置していなかった。しかし2009年、日本がソマリア沖の海賊対策の拠点としてジブチを選定して、これが契機となり日本から見たジブチの重要性が急激に増した。その後、海賊対策の拠点となる基地の建設や法制定と連動しながら、2012年、在ジブチ日本国大使館が開設された。
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