第1回日本フットボールリーグは、1999年4月18日から同11月7日にかけて行われた日本フットボールリーグ(JFL)のリーグ戦である。横浜FCが初優勝した。
当初は1998年度の第7回ジャパンフットボールリーグ(旧JFL)に参加したチームのうち日本プロサッカーリーグ(Jリーグ)に加盟しなかった7チームと、全国社会人サッカー連盟推薦で参加する横河電機サッカー部をあわせた8チームによるリーグ戦の予定だった。しかし、1998年限りで横浜マリノスに吸収合併された横浜フリューゲルスのサポーターが中心となって創設された横浜FCがJFLへ「準会員」資格で参加が認められたため、9チームによるリーグ戦となった。
なおこの年はJリーグ・JFLの再編に伴う処置として、前年の地域リーグ決勝大会における成績上位クラブの参入は行われなかった。
第1ステージ終了時の上位3チームに第79回天皇杯の出場権が与えられる(ただし準会員の横浜FCと大学チームである国士舘大学を除く)。
各ステージごとの上位チームに以下の強化費が支払われる。
備考
1999年11月16日に開催された日本プロサッカーリーグ(Jリーグ)の理事会において3位の水戸ホーリーホックのJリーグ加盟が全会一致で正式に承認された。なお本来のJ2昇格の成績上の条件は2位以上であるが、1位の横浜FCが準会員であるため、正会員8クラブの中で第2位であることを考慮してJ2昇格が認定された。
全国地域リーグ決勝大会で優勝したアローズ北陸と準優勝した栃木SC、全国社会人サッカー連盟の推薦により教育研究社、全日本大学サッカー連盟の推薦により静岡産業大学がそれぞれJFLへ昇格した。
横浜FCはこの年「準会員」としてJFLに参加していた。次年度については「4位以上で正会員、5位以下なら全国地域リーグ決勝大会に参加し、そこから改めてJFL昇格を目指す」ことになっていたが、優勝したため正式にJFLに参加することとなった。
JFL選抜チームを編成し、8月から9月までバングラデシュで開催されたバンガバンドゥカップ1999に出場した。
出典:
この結果、JFL選抜がバンガバンドゥカップの初優勝を果たした。
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