1999年のロードレース世界選手権は、FIMロードレース世界選手権の第51回大会である。
ミック・ドゥーハンの専制時代は、スペインGPの予選で負った深刻な怪我によって終わりを告げた。ドゥーハンの欠場が続いている間に、レプソル・ホンダのチームメイト、アレックス・クリビーレは着実にポイントを積み重ね、スペイン人として初めての500ccクラスチャンピオンとなった。また、ケニー・ロバーツ Jr.は、ドゥーハンとの直接対決に打ち勝った日本GPを含む4勝を挙げ、ランキング2位となるパフォーマンスを見せた。
アプリリアのバレンティーノ・ロッシは劇的なレースを続けながら9勝を挙げ、125ccクラスに続いて250ccクラスのタイトルも手に入れた。125ccクラスのエミリオ・アルサモラは、それぞれ5勝ずつを挙げたマルコ・メランドリと東雅雄を抑え、同クラス史上初めて「シーズン1勝も挙げなかったチャンピオン」となった。
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